Med moderne renseanlegg har Slagenraffineriet svært lave utslipp av olje til vann og svoveldioksid til luft.

Bensin, diesel og lett fyringsolje er renset for svovel slik at forbruk ikke fører til svovelforsuring. Svovelrensing av raffineriets fyringsgass sørger for at svovel som er fjernet fra produktene, ikke slippes ut fra raffineriet.

Alt avløpsvann behandles i tre trinn, til sist ved biologisk nedbrytning av oljerester, før utslipp i sjøen. Raffineriet er godt utstyrt med moderne oljevernutstyr for begrensning og oppsamling av olje på sjøen, dersom uhellet skulle inntreffe.

Miljøutførelse
Aktuelle utslippstall og miljøfokusområder er nærmere beskrevet i den årlige rapporten for miljø og samfunnsansvar. 

Europeisk miljødirektiv
Raffineriet på Slagentangen kommer svært godt ut sammenlignet med andre raffinerier, både med hensyn til effektiv bruk av energi, utslipp av klimagasser og utslipp av forurensende stoffer til luft og vann. 
De siste årene har raffineriet redusert sine NOx-utslipp ytteligere ved installasjon av lav NOx-brennere. I 2008 gjennomføres et prosjekt for ytterligere reduksjon av svoveldioksid med rundt 250 tonn årlig.